La granadilla es la segunda especie en importancia económica del género Passiflora, por su fruto comestible y comercialización en los mercados internacionales. Sin embargo, existe poca información acerca de la variabilidad, lo que ha limitado un mejor desarrollo del cultivo. El objetivo del estudio fue colectar y caracterizar cultivos de granadilla para establecer el grado de variabilidad genética del fruto como base para el mejoramiento genético. Las colectas se realizaron en 35 municipios de 11 departamentos de la región andina entre 1.567 a 2.410 msnm y en cada finca visitada se registró el manejo agronómico y el origen geográfico de la semilla. Diez frutos (calidad extra) por cultivo fueron seleccionados al azar de las plantas más sobresalientes (productividad y sanidad) con la participación de los productores. Análisis univariado y de clasificación (neighbor joining) fueron empleados en la caracterización del fruto con 11 variables fisicoquímicas. Los resultados identificaron a la mosca del ovario (Dasiops spp.) y antracnosis (Colletotrichum gloeosporioides) como los problemas fitosanitarios con mayor afectación en las 48 accesiones colectadas. La caracterización del fruto mostró un coeficiente de variación promedio total de 11,34%, destacándose las variables peso de la cáscara (14,61%) y el jugo (14,41%). En cuanto a los parámetros de calidad, se identificaron siete accesiones élite con peso del fruto >,134 g, °Brix >,14,4 y pulpa+semilla >,52%. La clasificación arbórea estableció una relativa variabilidad intraespecífica con poca estructuración de origen geográfica entre las accesiones. Estas accesiones élite identificadas son la base para el inicio de un proceso de mejoramiento genético a partir de genotipos bien diferenciados y con características agronómicas de interés.