Ante las dificultades que tienen las universidades para conocer con precisión la actividad científica que realizan, debido fundamentalmente a la ausencia de fuentes de información nacionales e internacionales que reúnan de manera exhaustiva toda su producción investigadora, se propone la utilización de las bases de datos institucionales producidas por la propia universidad. Para ello, se ha realizado una amplia encuesta a las universidades españolas, con el fin de conocer la existencia o no de estas bases de datos en cada una de ellas, así como determinar su interés y utilidad en aquellas universidades que ya las tenían. Asimismo, se realizó un análisis en profundidad de la información contenida en las bases de datos institucionales de dos universidades, la Universitat de Barcelona y la Universidad Carlos III de Madrid. Los resultados obtenidos han permitido conocer la situación de este tipo de recurso de información en el sistema universitario español, así como la capacidad que brinda para determinar con precisión las características de la investigación en las universidades y la posibilidad de realizar perfiles científicos de cada una de ellas. Finalmente se aporta una serie de recomendaciones para la mejora de este recurso institucional.