Para la ejecución del plan de manejo del Parque Nacional Guanahacabibes es necesario establecer una línea base sobre la diversidad y estructura de las asociaciones de peces, así como sus posibles cambios como consecuencia de las variaciones espaciales y temporales. Se realizaron censos visuales de todas las especies en períodos lluvioso y poco lluvioso de los años 2007-2008, en sus principales zonas del arrecife. Se evaluaron 15 estaciones, mediante 6 tramos de 50 x 2 m. Entre los períodos lluvioso y poco lluvioso no se observaron diferencias significativas en los principales indicadores de la estructura de las asociaciones (diversidad de especies, densidad, biomasa, tallas y categorías tróficas), pocas especies mostraron diferencias en su abundancia como consecuencia de su movilidad y distribución. La densidad y biomasa de peces mostraron correlación positiva con la complejidad del sustrato. Los valores más altos se observaron en los camellones de la pendiente arrecifal, que presentaron umbrales excepcionalmente altos y de complejo relieve. La estructura trófica estuvo dominada por carnívoros, sobre todo los ictiobentófagos (38% de la biomasa total), pero los herbívoros presentaron una alta proporción (25%), indicador de condiciones favorables, aunque la proporción de omnívoros fue más alta que en otras regiones. Se registraron 201 especies en toda el área, cifra superior a la conocida en otros arrecifes de Cuba. Hubo predominio de peces de pequeña talla y poca abundancia de peces de mediana y gran talla en la zona de pesca de subsistencia diseñada para la comunidad local, esto podría estar dado por la pesca furtiva.ABSTRACTIn order to execute the management plan for the Guanahacabibes National Park it is necessary to establish a guideline on the diversity and structure of the associations of fish, as well as their possible changes as a result of temporary and spatial variations. Visual censuses were conducted of all the species during the rainy and dry seasons of years 2007 and 2008 in the main reef areas. A total of 15 stations were evaluated by means of 6 transepts of 50 x 2 m. No significant differences were observed in the main indicators of the structure of the associations (diversity of species, density, biomass, sizes and trophic categories) between the rainy and dry seasons. Few species showed differences in their abundance as a result of their mobility and distribution. Fish density and biomass showed a positive correlation with the complexity of the substrate. The highest values were observed in the ridges on the reef slope, which show exceptionally high sills and complex relief. Although the trophic structure was dominated by carnivores, mainly the ictiobenthophagous (38% of total biomass), herbivores presented a high proportion (25%), which is an indicator of favourable conditions; however, the proportion of omnivores here was higher than in other regions. A total of 201 species were recorded in the entire area, an amount higher than in any other reef in Cuba. The subsistence fishing area established for the local community included predominantly small fish and little abundance of medium and big fish, which could be due to illegal fishing.