Este trabajo propone un protocolo para el análisis de la comunicación en startups españolas con modelo de distribución Software as a Service (SaaS) orientado al Business to Business (B2B), a partir de la identificación de los principales problemas y necesidades en materia de comunicación en este tipo de empresas, el diseño de los instrumentos de análisis propuesto y la comprobación de su funcionamiento para efectuar los cambios y mejoras correspondientes. Se analizan 12 startups españolas con modelo SaaS B2B empleando una metodología mixta que incluye entrevistas a sus CEOs, el análisis de contenido de los sitios web y las redes sociales en línea. Los resultados evidencian carencias estructurales en la gestión comunicativa, marcadas por la ausencia de estrategias formales y la falta de perfiles especializados en comunicación, lo que repercute en la coherencia de la imagen de marca. La comunicación externa se centra principalmente en objetivos comerciales y en la captación de clientes, destacando LinkedIn como la red social más utilizada para interactuar con los distintos stakeholders. Se concluye que la aplicación del protocolo contribuye a identificar áreas de mejora y a promover una alineación entre las estrategias comerciales y la comunicación corporativa, fortaleciendo la identificación de los públicos con los valores de marca.