A ciência aberta (CA) abarca uma série de iniciativas e práticas que procuram trazer mais eficiência para todo o processo, melhorando a qualidade, a reprodutibilidade, a confiabilidade e o impacto da ciência não só no campo científico, mas na sociedade em geral. Para a plena adoção de tais práticas, são necessários ajustes nos processos de avaliação da ciência, nos sistemas de reconhecimento e recompensa. Este estudo teve como objetivo propor diretrizes que visem alinhar o sistema de avaliação de uma instituição de pesquisa na área da saúde às tendências da CA visando à implementação efetiva de práticas de CA. É uma pesquisa de natureza exploratória/descritiva e foi utilizada a estratégia de estudo de caso, tendo como campo empírico a Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz). Como resultado, foi possível a construção de diretrizes que objetivam o alinhamento entre as políticas institucionais e suas práticas.