El material de micromamíferos del yacimiento del Pleistoceno Superior de la cueva de El Castillo, objeto de estudio detallado en este trabajo, proviene de los niveles auriñacienses 18b y 18c (datados en 40.000-45.000 BP), nivel 19, y niveles musterienses 20b, 20c, 20d, 20e (datados en 41.000-49.000 BP), 21a y 21b. La asociación de micromamíferos es la siguiente: Erinaceus europaeus, Crocidura russula, Sorex coronatus, Sorex minutus, Neomys fodiens, Talpa europaea, Galemys pyrenaicus, cf. Miniopterus schreibersii, Chiroptera indet., Pliomys lenki, Microtus arvalis – Microtus agrestis, Microtus lusitanicus, Microtus oeconomus, Chionomys nivalis, Arvicola terrestris, Apodemus sylvaticus – Apodemus flavicollis y Lepus sp. La mayoría de estas especies están presentes en la fauna actual de Cantabria, excepto Pliomys lenki que se extinguió en el último tercio del Pleistoceno Superior, y Microtus oeconomus, que persistió en la península ibérica durante el Holoceno bien avanzado hasta su desaparición en tiempos históricos, y que actualmente está en regiones euroasiáticas más septentrionales. Hay una gran continuidad de la gran mayoría de los taxones en todos los niveles. La fauna en su conjunto parece indicar un medio predominantemente abierto, por lo general de praderas húmedas (y en mucha menor medida praderas secas) con una buena cobertura vegetal a nivel del suelo, en el que habría también algunas zonas arboladas o boscosas, y algún curso de agua. Los indicadores termófilos son escasos y poco abundantes, lo que podría indicar que el clima podría ser algo menos templado que en otros periodos del Pleistoceno Superior y quizás también que actualmente en la zona.