Esse manuscrito descreve as etapas de adaptação e validação de indicadores para avaliação da Assistência Farmacêutica municipal na região amazônica. Considerar o contexto dos municípios em avaliações indica o reconhecimento de suas particularidades aumentando a consistência e legitimidade da avaliação. Os indicadores passaram validação de conteúdo em duas etapas: consulta aos especialistas e oficina de consenso. Participaram representantes de dois municípios do estado do Pará, da 9°Regional de Saúde do Estado, instituições formadoras da região e pesquisadores da área. Foram feitas adaptações quanto ao contexto, atualização da legislação e síntese de alguns pontos para aumentar a clareza das análises. Destaca-se a inclusão das unidades de saúde ribeirinhas e fluviais no objeto de estudo; nos indicadores logísticos, a verificação de adequações na programação e aquisição de medicamentos considerando as distâncias e estações sazonais, e diferenças na distribuição entre as unidades de áreas urbanas, rurais e ribeirinhas. Além disso, incluiu um indicador que avalia a existência de ações de saúde relacionadas às práticas tradicionais da população. As discussões na oficina pautaram a importância de contemplar o impacto do fator amazônico na logística e acessibilidade da Assistência Farmacêutica. Este processo e permite análises adequadas para subsidiar o planejamento de ações visando superar as fragilidades da região.