Na základe výnosu Ministerstva pôdohospodárstva a Ministerstva zdravotníctva Slovenskej republiky zo 6. februára 2006 č. 06267/2006-SL, ktorým sa vydáva hlava Potravinového kódexu SR upravujúca mikrobiologické požiadavky na potraviny a na ich obalové materiály a nariadenia Komisie (ES) č. 2073/2005 o mikrobiologických kritériách pre potraviny, patria k mikrobiologickým indikátorom kvality čerstvo pripravených hotových pokrmov a pokrmov rýchleho občerstvenia bez tepelnej úpravy alebo chemickej konzervácie koagulázopozitívne stafylokoky, E. coli, Bacillus cereus, Salmonella spp. a Listeria monocytogenes. Mikrobiologická analýza pokrmov a príloh čerstvo pripravených a tepelne opracovaných zahŕňa okrem vyššie spomenutých detekciu sulfitredukujúcich klostrídií a koliformných baktérií. Výrobky studenej kuchyne je potrebné kvantitatívne vyšetriť aj na kvasinky a plesne. V prípade pokrmov s obsahom bryndze sa stanovuje množstvo E. coli a koagulázapozitívnych stafylokokov. V rámci kritérií bezpečnosti sa pokrmy rýchleho občerstvenia vyšetrujú na Salmonella sp. a Listeria monocytogenes. Vyšetrenie kritérií hygieny procesu výroby zahŕňa kvantitatívne stanovenie ostatných uvedených mikroorganizmov.