Human, animal and plant viral diseases have greatly benefited from recent metagenomics developments. Viral metagenomics is a culture-independent approach used to investigate the complete viral genetic populations of a sample. During the last decade, metagenomics concepts and techniques that were first used by ecologists progressively spread into the scientific field of viral pathology. The sample, which was first for ecologists a fraction of ecosystem, became for pathologists an organism that hosts millions of microbes and viruses. This new approach, providing without a priori high resolution qualitative and quantitative data on the viral diversity, is now revolutionizing the way pathologists decipher viral diseases. This review describes the very last improvements of the high throughput next generation sequencing methods and discusses the applications of viral metagenomics in viral pathology, including discovery of novel viruses, viral surveillance and diagnostic, large-scale molecular epidemiology, and viral evolution.

L’étude des maladies virales humaines, animales et végétales a récemment bénéficié du développement de la métagénomique en écologie. Cette approche, dite sans a priori, consiste à décrire le génome viral total, ou virome, d’une fraction d’un écosystème sans tenir compte de cibles moléculaires déjà connues. Les premiers résultats de la métagénomique en pathologie virale ont été obtenus très localement au niveau d’un tissu ou d’un organe. Ils ont débouché sur la découverte de nouveaux virus et ont permis des avancées sur le plan du diagnostic, de l’épidémiologie moléculaire et de l’évolution virale. Ces travaux sont d’une grande pertinence pour réévaluer des concepts en pathologie et, notamment, le rôle biologique des virus dans un organisme. Ils révèlent la nécessité d’actualiser les méthodes de diagnostic.