A principal fonte de matéria orgânica dos ribeiros de montanha são as folhas que se depositam sobre o leito maioritariamente durante o outono. Essas folhas vão passar por um processo de decomposição no qual os microorganismos aquáticos, em especial um grupo de fungos designado por hifomicetes, são os primeiros a atuar, pois conseguem quebrar moléculas complexas do material vegetal, tornando-o mais apetecível e fácil de digerir para outros organismos. Os hifomicetes aquáticos produzem uma grande quantidade de esporos que aderem facilmente ao material vegetal mesmo em águas agitadas. A biodiversidade dos hifomicetes aquáticos em Portugal tem sido mais estudada no norte e centro e mais recentemente na ilha de São Miguel, no arquipélago dos Açores. Foi já reportada a existência de 129 espécies, incluindo uma espécie descrita pela primeira vez na bacia do rio Cávado (Collembolispora barbata). Estes microorganismos são afetados pelas características da água havendo diferentes ocorrências consoante o nível de nutrientes, temperatura e/ou grau de contaminação existentes. Metais, compostos orgânicos e fármacos têm mostrado efeitos adversos sobre as comunidades de hifomicetes com alteração da biodiversidade e biomassa. Dentro das comunidades microbianas existem outros fungos filamentosos, fungos unicelulares (leveduras) e bactérias mas ainda há pouca informação sobre as suas funções no processo de decomposição. As técnicas moleculares são uma ferramenta promissora no estudo das comunidades microbianas e Portugal tem tido uma grande contribuição para o enriquecimento das bases de dados genéticas internacionais.