Neste trabalho é proposto um procedimento para reconhecimento semi-automático das espécies de protozoários por análise de imagem. Este programa (ProtoRec v.2) foi em seguida utilizado para estudar a evolução da microfauna durante períodos de transição (paragem e arranque da estação). Os resultados obtidos foram satisfatórios em relação ao reconhecimento das espécies pelo programa e o acompanhamento da estação permitiu-nos verificar a degradação e envelhecimento da lama e o aparecimento de protozoários que evidenciam tal fato.