O presente invento refere-se à concepção de duas sondas de ácido péptido nucleíco (PNA) para detectar as bactérias Lactobacillus e/ou Gardnerella spp.. Estas sondas são aplicadas a um processo baseado em técnicas de biologia molecular, nomeadamente de hibridação fluorescente in situ (FISH), aplicáveis no diagnóstico de vaginose bacteriana ou a detecção e quantificação destes géneros bacterianos em diversos tipos de amostras, incluindo sangue, alimentos, biopsias, fezes, água e outras amostras clínicas, ambientais ou provenientes da indústria agrícola ou alimentar.