Ayçiçeği (Helianthus annuus L.) içerdiği yağ ve diğer besin maddeleri açısından çok önemli bir bitkidir; fakat canavarotu (Orobanche cumana Wallr.) sebebiyle büyük tehdit altındadır. Bir tam parazit olan O. cumana sadece ayçiçeğinin paraziti olduğu için ayçiçeği canavarotu diye de adlandırılır. O. cumana kaynaklı verim kayıpları genellikle % 50 civarında olup % 100'e de ulaşabilmektedir. Bu çalışmada, ekonomik, güvenilir ve kolayca tekrarlanabilen bir genotipleme teknolojisi olan floresan işaretli allele özgü PZR tabanlı kompetitif allel spesifik PZR (KASP) analizi kullanılarak, Trakya Tarımsal Araştırma Enstitüsü'nden sağlanan O. cumana gen havuzunun, moleküler karakterizasyonunu gerçekleştirilmesi planlanmıştır. Bu amaçla, bitki ıslah programlarında geniş bir kullanım alanına sahip tek nükleotid polimorfizmi (single nucleotide polymorphism, SNP) markörleri KASP analizinde kullanılmıştır. Genetik yapısı hakkında yeterli bilgi bulunmayan O. cumana genomundaki varyasyonları bulmak için veri tabanları ve literatür taranmıştır. Gerçekleştirilen literatür taraması sonucunda, polimorfik yapı gösteren dört basit dizi tekrarı (simple sequence repeats, SSR) markör (Ocum-197, Ocum-006, Ocum-023 and Ocum-151) bölgesi, olası SNP'leri bulmak için kullanılmıştır. SNP içerebilecek olan bölgelerin çoğaltılması için primer çiftleri tasarlanmıştır ve bu primer çiftleriyle PZR çoğaltımları gerçekleştirilmiştir ve 1 aday delesyon (deletion) gözlemlenmiştir. Daha sonra bulunan delesyon KASP primerlerine çevrilerek KASP analizi gerçekleştirilmiştir. Delesyon primeri, Del-197, elde edilen allelik ayrım grafiğinde dokuz lokasyondan toplanmış olan örnekleri gruplandırmıştır ve bu gruplandırmaya göre, O. cumana ırklarının değerlendirilmesi için bir bulaştırma işlemi gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak, Del-197 primerinin O. cumana ırkları için ayırıcı bir markör olabileceği kabul edilmiştir ve Trakya bölgesindeki O. cumana ırklarının A, D, H ve I olarak değerlendirilmiştir.

Sunflower (Helianthus annuus L.) as a very important plant with regards to oil and other nutrients, is under a big threat of broomrape (Orobanche cumana Wallr.). O. cumana is a holoparasitic plant for only sunflower, hence it is called as sunflower broomrape. Yield loss created by O. cumana which is generally 50 % can reach to 100 %. In this study, it was planned to perform molecular characterisation of O. cumana germplasm as nine locations of Trakya region obtained from Trakya Agricultural Research Institute by using Single Nucleotide Polymorphism (SNP) markers, widely used in plant breeding programs, in Competitive Allele Specific PCR (KASP) assay which is a fluorescent tagged allele specific PCR method based, economic, reliable and easily repeatable genotyping technology. Databases and literature were scanned to spot variations on O. cumana genome which is not known clearly. So far, four SSR (Simple Sequence Repeat) marker (Ocum-197, Ocum-006, Ocum-023 and Ocum-151) regions showing polymorphic pattern were used for searching possible SNPs. Primer pairs were designed for amplification of the regions possibly having SNPs and PCR amplifications with these primer pairs were performed and 1 candidate deletion was detected on the amplicon which was amplified by Ocum-197 SSR marker. Following, the deletion was converted to KASP primers and KASP assay was performed. The deletion primer, Del-197, has grouped the samples from nine locations in the resulting allelic discrimination plot and infestation was performed according to this grouping, for the evaluation of O. cumana races. As a conclusion, it is considered that Del-197 primer can be a selective marker for O. cumana races and O. cumana races in Trakya region were evaluated as races A, D, H and I.

98