İstanbul’un önemli mimari miraslarından biriyken,XX.yüzyılın başlarında meydana gelen bir yangın sonucu harap olan Balabanağa Mescidi, 1930’lu yıllarda tamamen ortadan kalkmıştır. Aslı, Geç Roma döneminin mausoleum yapısı eser, Osmanlılar döneminde camiye çevrilmiştir . Daha önce Bizans döneminde ise, kilise olarak kullanılmıştır. Altıgen planlı yapı, üç ana dönemden geçmiştir. Mausoleum olarak ilk yapım sürecini tâkiben, Bizans’ın XI-XII.yüzyıllarında ana mekânın ortasına bir tonozlu birim ilâve edilmiştir. Bizans’ın son dönemlerinde onarılmış ve camiye çevrildiğinde de mihrap, son cemaat mahalli şeklinde düzensiz bir koridor ve bazı pencereler eklenmiştir. 1930’da A.Müfit Mansel tarafından yerinde kazı yapılan mescidden hiçbir iz günümüze ulaşmamıştır.