Danişmendli devrinde önemli bir merkez olan Niksar’da yer alan Ulu Cami’nin kimin tarafından yaptırıldığı, inşa tarihi ve mimarı kesin olarak bilinmemektedir. Genellikle araştırmacılar tarafından Danişmendliler’e mal edilen yapının, bu dönemde inşa edildikten sonra Selçuklu döneminde onarım geçirdiği kabul edilmiş olmakla birlikte bazı araştırmacılar tarafından da tamamıyla Selçuklu döneminde inşa edildiği öne sürülerek taşıdığı mimarî özelliklerle yapı açıklanmaya çalışılmıştır. Bu çalışmada farklı görüşlerin yer aldığı kaynaklar ile özellikle yapının geçirdiği onarımlar göz önünde bulundurulmuş, bugün yapıda gözlenen mimarî ve süsleme özellikleri yeniden değerlendirilerek yapının banisi ve inşa tarihi hakkında bir değerlendirilme yapılmaya çalışılmıştır. Böylece, Niksar Ulu Camii’nin XII. yüzyılda inşa edilmiş bir Danişmendli yapısı olmasından ziyade, XIII. yüzyılda inşa edilmiş bir yapı olduğu ortaya çıkmaktadır. Yapının banisi olarak ise Tokat Gök Medrese ve Niksar Çöreği Büyük Tekkesi’nin de banisi olduğu kabul edilen Muineddin Süleyman Pervane’nin Tokat ve Niksar’da etkin olduğu dönemde, bu yapıyı da inşa ettirmiş olması ihtimali kuvvetlenmektedir.