En Argentina, las actividades extractivas económicas están generando un despojo territorial y un deterioro ambiental que afectan seriamente las condiciones de vida y el bienestar de las poblaciones indígenas. Estos procesos ponen en tensión tanto los repertorios culturales y sistemas de conocimientos de las comunidades indígenas como los del personal de salud que trabaja con ellas. En este contexto, este artículo analiza la complejidad y las particularidades de la transición alimentaria que experimenta el pueblo wichí de la región Chaco salteña, ubicada en los departamentos San Martín y Rivadavia de la provincia de Salta, afectados por la frontera del agronegocio sojero, y examina cómo inciden en los procesos de socialización alimentaria en la población infantil de estas comunidades rurales, las cuales se encuentran bajo decretos de emergencia socio-sanitaria y alimentaria. Se utilizó una metodología cualitativa, histórica y etnográfica que integró múltiples perspectivas y herramientas teórico-metodológicas, como entrevistas semiestructuradas, observación participante, grupos focales, trayectorias de vida y mapeo colectivo. Los trabajos de campo buscaron fomentar la investigación-acción participativa y el diálogo de saberes para contribuir al fortalecimiento de estas experiencias. Se destaca la importancia de trabajar desde un enfoque de colaboración intercultural para la formación de profesionales, el diseño de políticas e intervenciones en el campo de la salud, y para asegurar los derechos alimentarios de las poblaciones indígenas en Argentina.