Por toda a primeira metade do século XVII, os comentários dos Conimbricenses estavam na base da Filosofia seguida em Portugal não só nos Colégios e Escolas dos Jesuítas, mas nas outras Congregações religiosas também, enquanto na segunda metade do século e em princípios do século XVIII a Filosofia seguida pelos jesuítas é que está explicada no Curso de Soares Lusitano, que se vai basear na ciência proposta pelo jesuíta italiano Cristóvão Borri, ciência essa que ía de encontro ao ensino ministrado nas escolas portuguesas orientadas segundo o texto dos Conimbricenses. A Matemática em Portugal não teve, no tempo, desenvolvimento, e todas as Histórias da mesma que se conhecem são deficientes. De apontar, apenas, a de Stockler. Na Medicina podemos referir um trabalho do Dr. João Marques Correia, o Tratado physiologico médico-physico e anatómico da circulação do sangue, onde o nome de Descartes aparece com o epíteto de Sapientíssimo, e outro bem conhecido estrangeirado ( Jacob de Castro Sarmento ( que pretende tornar conhecido em Portugal o nome e a obra de Newton combatendo Descartes na Teórica Verdadeira das Marés. Outro médico, estrangeirado, pouco conhecido, como aliás acontece com quase todos os considerados pequenos estrangeirados do século XVIII, e que Barbosa Machado considera «acérrimo sequaz da filosofia de Descartes, é o Dr. Francisco Xavier Leitão, falecido em 1739, homem muito viajado pelas cortes da Europa que constantemente atraíam os portugueses cultos. Estes, sabiam ir encontrar lá fora as sementes do moderno pensamento universal cujos frutos brotariam na segunda metade do século XVIII. No campo da Astronomia, Portugal acompanha a deserção das teorias aristotélicas que se registou pela Europa nos princípios do século XVII. A Astronomia restaurada deve-se, principalmente, às experiências feitas no Observatório astronómico de Santo Antão onde os jesuítas, como Bocarro, Carbone, Borri, Teles, Soares e outros trabalharam e deram a conhecer ao estrangeiro as observações feitas em Portugal. É bastante difícil esquematizar as causas que levaram Portugal, se não a um isolacionismo, em que não acreditamos na medida em que não foram extintas completamente as relações culturais com o estrangeiro, apesar de esporádicas, pelo menos a uma crise em relação ao que se passava além fronteiras, crise cultural que está relacionada estreitamente com a decadência política que o domínio filipino provocara e que só o reinado de D. João V consegue, em parte, superar. As causas que normalmente se apontam são a existência da Inquisição, da censura, e o ensino dos Jesuítas.