Les lacs pyrénéens hébergent une biodiversité spécifique et cependant mal connue notamment en raison des conditions d’accès (marche d’approche et milieu aquatique). Des investigations étaient nécessaires pour que des programmes de conservation et/ou de gestion sur la faune et la flore des lacs puissent être envisagés sur la base d’une connaissance plus complète, robuste et partagée. Bien que situés en tête de bassin, les lacs de haute montagne restent soumis à différentes pressions anthropiques (hydroélectricité, pastoralisme, pollution atmosphérique, introduction de poissons…). Ils sont également particulièrement recherchés et fréquentés pour diverses activités touristiques, sportives ou de loisirs. L'activité halieutique est ainsi très présente sur la chaîne pyrénéenne. Les lacs de haute montagne, naturellement apiscicoles dans la grande majorité des cas, ont fait l'objet d'introductions de poissons (salmonidés, vairons) particulièrement depuis la fin du XIXe. Ces empoissonnements n'ont pas été sans conséquence sur le fonctionnement et la richesse de ces écosystèmes, devenant de nos jours l'une des pires menaces. Les lacs de haute montagne constituent aussi des milieux privilégiés pour mettre en place un réseau de suivi standardisé du changement climatique et de la biodiversité à l’échelle de la chaîne pyrénéenne. Trois années d’études partenariales autour d’un projet transfrontalier (programme Green : Gestion et mise en réseau des espaces naturels) ont permis de s’appuyer sur un réseau de 36 lacs dans 3 pays (Espagne, Andorre et France) sur lesquels ont été réalisés des inventaires standardisés. Ceux-ci ont porté sur la flore (plantes vasculaires, characées et bryophytes), la faune (mammifères semi-aquatiques, amphibiens, et certains groupes d’insectes) ainsi que des données environnementales (bathymétrie, qualité de l’eau, structure des berges…). Les inventaires ont donné lieu à la production d’une grande quantité de données naturalistes inédites. Ces données permettent d’esquisser des premières synthèses pyrénéennes et de dresser un état des lieux de la biodiversité lacustre des sites retenus. Elles permettront aux gestionnaires de faire des choix éclairés quant aux sites à restaurer ou conserver et donc de définir une stratégie spécifiquement dédiée à la gestion des lacs de haute montagne. A titre d’exemple, une action de désempoissonnement a été entreprise en 2019 en zone cœur du Parc national des Pyrénées en vue d’un retour à un état apiscicole des lacs d’Araillé. Une des ambitions de ce travail est de remettre la biodiversité des lacs de montagne au cœur des enjeux de conservation des espaces protégés, du réseau Natura 2000 et de la stratégie pyrénéenne de valorisation de la biodiversité.