Los microorganismos, en particular las bacterias, habitan en todos los ambientes posibles de la biosfera incluidos los ambientes subterráneos. Desempeñan un papel importante en procesos geológicos tales como la precipitación y disolución mineral, e influyen notablemente sobre los ciclos biogeoquímicos de diferentes elementos. Hasta este momento, son relativamente pocos los estudios orientados a conocer el papel activo de los microorganismos, especialmente las bacterias, en la formación de espeleotemas, de manera que la implicación de la actividad microbiana en la precipitación y disolución mineral en ambientes kársticos es un tema aún sin resolver en geomicrobiología. Actualmente, no está del todo aclarada cuál es la interrelación entre los microorganismos y las fábricas minerales, ni el papel que juegan los microorganismos en la precipitación de carbonatos. Las cuevas son ambientes protegidos donde las fábricas microbianas pueden preservarse sin sufrir modificaciones diagenéticas importantes o destrucción, ofreciendo, por ello, un excelente entorno para estudiar los procesos de biomineralización (desde los propios microorganismos activos a sus depósitos minerales). Las nuevas tendencias en geomicrobiología se basan en la conjunción de diferentes metodologías (microclima, petrología, geoquímica, hidroquímica, microbiología, biología molecular) con un objetivo común: 1) determinar el papel de las diferentes comunidades microbianas que habitan los ambientes subterráneos en los procesos de transformación mineral; 2) identificar las propiedades físicas y químicas de las fases cristalinas bioinducidas, y 3) determinar las condiciones ambientales y las propiedades composicionales y texturales de los soportes rocosos naturales (biorreceptividad) que favorecen o inhiben el desarrollo de las comunidades microbianas.