Los sectores institucionales, como agrupaciones de centros con características similares en su actividad y orientación a la investigación, constituyen una interesante unidad de análisis que puede servir además como marco de referencia en los estudios de I+D. El análisis de la producción científica de España (2000–2011) recogida en la base de datos Web of Science permite observar el predominio del sector universitario (66%), seguido de los Organismos Públicos de Investigación (OPI) (23%) y del sector sanitario (18%). Las entidades sin ánimo de lucro (ESAL) (10%), que incluyen tanto las Entidades Tradicionales sin Ánimo de Lucro (ETSAL) como las nuevas Estructuras de Investigación sin Ánimo de Lucro (EISAL), muestran junto con los OPI los valores más altos de impacto, tanto a través de indicadores basados en el factor de impacto de sus revistas de publicación – posición normalizada, porcentaje de artículos en primer cuartil – como de las citas recibidas por sus artículos. La Universidad presenta el perfil de producción más distribuido entre las distintas áreas temáticas, y es el único sector especializado en determinados campos como Ciencias Sociales, Humanidades o Matemáticas, mientras que el Sector Sanitario muestra una alta especialización en Medicina Clínica. A lo largo del periodo los distintos sectores tienden a aumentar su producción, obtener indicadores de impacto más elevados e incrementar su investigación en colaboración e internacionalización. Destaca el auge experimentado por las entidades sin ánimo de lucro, y en particular por las EISAL, que incrementan de forma muy llamativa su producción y realizan investigación de alto impacto relativo, sobre todo en el área biomédica. No se observa relación entre las áreas de especialización de los sectores y aquéllas en las que obtienen el mayor impacto.