La sistemática de las especies maderables, económicamente importantes y en peligro de extinción enGuaiacum aún no aclara con respeto a la clasificación taxonómica y las relaciones entre los taxa. Esto se debeparcialmente a la falta de rasgos diagnósticos y a reducidas muestras geográficas en estudios previos. Sin embargo, losaspectos en la sistemática y las relaciones filogenéticas de las especies son importantes a considerar en la regulacióncomercial y en las prácticas de manejo de las especies. Esto es especialmente importante para México ya que estanto el exportador más importante, como el centro de diversidad para Guaiacum. En este trabajo se investigaronaspectos sistemáticos y biogeográficos en Guaiacum analizando marcadores nucleares y de cloroplastos de ADN deespecímenes muestreados de su área de distribución. Los análisis filogenéticos y de parsimonia estadística mostrarondivergencia bien sustentada dentro del grupo, incluyendo una divergencia profunda entre G. officinale y los otrostaxa con subdivisiones adicionales asociadas a la biogeográfía. También hay evidencia de accesiones de Chiapas,México, como genéticamente intermedias entre G. sanctum y G. coulteri, mientras que otras especies de Guaiacum(G. palmeri, G. guatemalense) no se distinguen bien sea por rasgos morfológicos o moleculares. La organizacióngenética entre los mayores grupos de Guaiacum muestra evidencia de un aislamiento provocado por fragmentaciónen su distribución, con la estructura en gran parte mantenida por un flujo ocasional de genes a larga distancia entrepoblaciones lejanas.