W niniejszym artykule zajmiemy się wyłącznie metodologiczną odmianą naturalizmu. W ostatnich latach odmiana ta odgrywała znaczącą rolę w obszernej literaturze poświęconej nauce i teologii i to właśnie głównie w tym kontekście chciałbym prowadzić swoje rozważania. Naturalizm metodologiczny nie wysuwa bezpośrednio twierdzenia ontologicznego na temat tego, co istnieje lub nie, lecz wskazuje, jak należy zdobywać wiedzę, a jako model przyjmuje - w ten czy inny sposób - metody nauk przyrodniczych. Wielu autorów piszących o związku nauki i teologii utożsamia naturalizm metodologiczny ze sposobami, w jakie nauka dowodzi swojej wyższości poznawczej nad teologią, przez co stanowisko to staje się przedmiotem ostrej krytyki. Moim zdaniem z biegiem czasu w debacie na ten temat pomieszano kilka różnych spraw. Z punktu widzenia osoby religijnej wielce pomocne byłoby rozróżnienie trzech stanowisk, którym można nadać miano "naturalizmu metodologicznego", przy czym - jak przekonuję - dwa z nich zasługują na aprobatę.