A diez años de la promulgación del Programa Desnutrición Cero, y más de un quinquenio de la implementación de las Unidades de Nutrición Integral (UNI), no se cuenta con información epidemiológica local acerca de su repercusión a nivel poblacional. Objetivo: analizar las desigualdades en las prevalencias de los factores de riesgo asociados a la desnutrición infantil en municipios con y sin UNI del departamento de Cochabamba. Métodos: se realizó un estudio ecológico de corte transversal con datos agregados por municipio, utilizando la información recabada por el estudio departamental sobre Factores de Riesgo Asociados a Malnutrición Infantil en Cochabamba (FRAMIC). Las unidades de análisis fueron los municipios con y sin UNI de Cochabamba. Se calcularon promedios de las prevalencias municipales por grupo de estudio, acompañadas de desviaciones estándar y prueba de T de student para las diferencias estadísticas. Resultados: la prevalencia de lactancia materna exclusiva fue más alta en los municipios con UNI (75%). El inicio adecuado de alimentación complementaria y la cobertura de entrega de Nutribebé fue mayor en los municipios con UNI (76% y 83%). No se encontraron diferencias estadísticamente significativas en el uso adecuado del Nutribebe y chispitas nutricionales entre municipios con y sin UNI. La reducción de la prevalencia de desnutrición crónica fue mayor en municipios con UNI. Conclusión: no existen diferencias estadísticamente significativas en las prevalencias de desnutrición infantil entre los municipios con y sin UNI, smostrando que la presencia de las UNI’s contribuyó a disminuir la brecha de desigualdad en la prevalencia de desnutrición crónica entre los grupos poblacionales estudiados.