A matéria orgânica do solo (MOS) exerce papel fundamental para a sustentabilidade de ecossistemas florestais. O estudo das frações da MOS possibilita avaliar a qualidade do solo sob florestas nativas ou plantadas. O objetivo dessa pesquisa foi comparar o carbono orgânico sob mata nativa e florestas plantadas, em longo prazo. Foram avaliados os estoques de carbono orgânico total (COT), as frações leve (COL) e pesada (COP) e o índice de manejo do carbono (IMC) da camada superficial de Latossolo Vermelho distroférrico, sob plantios de quatro espécies de eucaliptos australianos - Eucalyptus grandis, E. pilularis, E. cloeziana e Corymbia maculata - e Pinus caribaea var. hondurensis, com 40 anos de idade, e sob Floresta Estacional Semidecidual. C. maculata manteve estoques de COT, COP e de COL e o IMC em níveis similares aos encontrados sob a mata nativa, sendo considerada a espécie mais eficiente na ciclagem e estocagem de carbono no solo, seguida por E. cloeziana. E. pilularis e o pinus apresentaram os menores estoques de carbono e IMC.