Este estudo objetivou avaliar o efeito de dois tipos de manejo agroflorestal (SAFs 1 e 2) sobre os estoques de serapilheira, as características químicas do solo e a atividade e a biomassa microbiana do solo (BMS), comparando-os a uma área com agricultura anual (AgAn) e uma mata secundária no município de Paraty-RJ. O manejo de poda nos SAFs promoveu aumento nos teores e/ou nos estoques de nitrogênio, fósforo, potássio e magnésio da serapilheira, levando à condição de semelhança aos estoques da mata e de superioridade em relação aos estoques da AgAn. No verão, o carbono da BMS e a respiração basal foram mais elevados na área de mata, enquanto que, em ambas as estações, inverno e verão, não houve diferença entre os SAFs e a área de AgAn. O SAF-2 apresentou elevado quociente microbiano no inverno, demonstrando maior sensibilidade dos microrganismos às mudanças de cobertura vegetal do que aos atributos químicos do solo.