A partir de 1990, les cotisations sociales agricoles sont assises progressivement sur les revenus professionnels, en fait sur les revenus fiscaux. Cette réforme harmonise également les taux de cotisations du Régime agricole avec ceux du Régime général de protection sociale. Elle a pour conséquence une hausse globale des cotisations et une redistribution géographique et catégorielle entre agriculteurs. Ce rattrapage est quasiment terminé en 1992. Cependant, la coexistence de deux systèmes de déclarations fiscales des revenus agricoles (forfaitaire et réel) maintient de fortes disparités de prélèvement.