El potencial comercial y el papel que desempeñan en la protección del medio ambiente, Cordia alliodora y Tabebuia rosea las torna relevantes en el Plan Nacional de Reforestación, el cual es ejecutado por la Corporación Nacional de Investigación y Fomento Forestal (CONIF) y el Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural (MADR) de Colombia. El avance de las técnicas de biología molecular, permite la disponibilidad de nuevas herramientas en el mejoramiento genético vegetal, fomentando la fijación de genes involucrados en la expresión de caracteres fenotípicos deseables de interés comercial y productivo. El objetivo fue estandarizar un método de extracción de ADN genómico específico a partir de tejido foliar fresco y seco, al igual que de plántulas. Se encontraron diferencias significativas entre las dos especies. En C. alliodora el tipo y estado del tejido no fue un factor limitante para la extracción, la cual dependió solamente del método empleado. Por el contrario, T. rosea presentó limitaciones en la extracción y amplificación del ADN obtenido a partir de tejido seco, lo cual se atribuyó a la concentración significativa de polisacáridos, polifenoles y otros metabolitos secundarios, también reportados en otras investigaciones para esta especie. Se cuantificó el ADN extraído y se evaluó su calidad mediante la amplificación del ADN utilizando microsatélites. Los datos se sometieron a Análisis de Componentes Principales (ACP) y Análisis Factorial Múltiple (AFM). Con base en los resultados, se estandarizó un protocolo de extracción de ADN para cada especie y se definió el tejido foliar óptimo para dicho proceso.