Para la caracterización microbiológica y molecular se aislaron e identificaron microorganismos cultivables de 4 bioinsumos comerciales provenientes del occidente y norte de Nicaragua. Esto involucró la tipificación morfológica a través de: tinción Gram para bacterias y observación de esporas para hongos filamentosos. Se realizó la extracción y secuenciación del ADN (gen ADNr 16S – bacterias, región ITS1- ITS4 hongos filamentosos) para obtener los arboles filogenéticos. Se logró la identificación molecular de 28 de 30 microorganismos aislados (23 bacterias: 12 especies, 11 géneros; 5 hongos filamentosos: 4 especies, 1 género). Encontrándose en los Bioisumos zona norte: muestra TS: 5 bacterias (Bacillus pumilus, Bacillus thuringiensis, 2 Bacillus sp. y Stenotrophomonas sp.) y 3 hongos filamentosos (Monascus pupureus, Neosartorya glabra y Aspergillus flavus- reportado como patógeno para cultivos); muestra LS: 6 bacterias (Bacillus megaterium, Bacillus subtilis, Bacillus sp., 2 Stenotrophomonas sp. y Paenibacillus sp.); muestra LL: 3 bacterias (Bacillus Megaterium, Staphylococcus succinus y Bacillus sp.) y 2 hongos filamentosos (Byssochlamys nívea – reportado como contaminante en fruta procesada y otro no identificado). Zona de occidente, muestra DCL: 9 bacterias (2 Lysinibacillus macroides, Bacillus subtilis, Bacillus flexus, Bacillus cereus – patógeno para el ser humano, Agrobacterium tumefaciens, 2 Bacillus sp. y una Stenotrophomonas sp.) y 1 hongo levaduriforme no identificado molecularmente. Lo anterior muestra gran diversidad microbiana y la presencia de patógenos en los bioinsumos que son perjudiciales para la planta y el ser humano.