El corredor marino Isla del Coco-Galápagos, en su conjunto, constituye un santuario para la protección de especies marinas en la región oriental del Pacífico Tropical. La alta biodiversidad de macroorganismos ha sido estudiada por décadas, sin embargo, la diversidad de microorganismos del fitoplancton, que constituyen el sustento de la vida en este ecosistema, no se conoce al mismo nivel de detalle. En este trabajo utilizamos datos metagenómicos de libre acceso para examinar la diversidad funcional de proteínas y de especies microbianas presentes en seis puntos de este corredor marino. Se identificó una altísima diversidad de microorganismos que comprende 2132 géneros distribuidos en 68 filos taxonómicos (6 Archaea, 33 Eukaryota, 38 Bacteria y 1 Virus). En particular, los taxones más abundantes fueron Candidatus Pelagibacter, Prochlorococcus, Synechococcus, el Fago T4 y Pseudomonas, los cuales coexisten con una gran cantidad de organismos poco representados. Por similitud en su composición, las comunidades pelágicas y litorales pudieron agruparse, sin embargo, estadísticamente no hubo diferencias significativas entre todas las comunidades del corredor. Este trabajo resalta la importancia ecológica del fitoplancton para el ecosistema y representa una justificación adicional protección del corredor en su conjunto.