Todos os aspectos de crescimento e desenvolvimento das plantas podem ser afetados pela deficiência hídrica e saturação de água nos tecidos, causada pela excessiva demanda evaporativa e/ou limitado suprimento de água. As conseqüências na planta pelo alagamento vão ser clorose, murchamento prematuro, queda da capacidade fotossintética, do potencial hídrico e da concentração de nutrientes nas folhas e diminuição no crescimento. O objetivo desse trabalho foi avaliar os efeitos do alagamento sob conteúdo relativo de água, transpiração, condutância estomática, relação raiz/ parte aérea e massa seca total em plantas de milho submetidas ao alagamento. O experimento foi conduzido em casa de vegetação da Universidade Federal Rural da Amazônia (UFRA - Capitão - Poço), utilizando-se plantas de milho variedade BR 5102, o delineamento experimental foi inteiramente casualizado (DIC) com fatorial 2 x 4, com duas condições hídricas: controle, déficit hídrico e quatro ciclos de estresse com cinco repetições. Obtiveram-se resultados significativos em todos os parâmetros avaliados, concluindo que o alagamento influenciou negativamente na ecofisiologia da planta e na massa seca total. PALAVRAS-CHAVE: anoxia, conteúdo relativo de água, transpiração.