La relevancia psicológica, social y educativa del presente estudio reside en la escasez de trabajos previos que hayan evaluado el rechazo escolar en Latinoamérica y las elevadas tasas de deserción a las que se enfrentan en esta región. El objetivo de esta investigación consistió en examinar las diferencias en las puntuaciones medias de rechazo escolar y la formación de perfiles en adolescentes ecuatorianos y chilenos. Un total de 4266 estudiantes, entre 13 y 17 años de edad, procedentes de Ecuador (. = 14.83; SD = 1.86) y Chile (. = 15.23; SD = 1.26) fueron seleccionados mediante un muestreo aleatorio por conglomerados. El instrumento empleado para evaluar el rechazo escolar fue la School Refusal Assessment Scale-Revised. Las puntuaciones medias de rechazo escolar para Ecuador y Chile revelaron diferencias estadísticamente significativas de pequeña magnitud. Entre los estudiantes chilenos se registraron puntuaciones medias más altas de rechazo escolar, con el fin de captar la atención de sus seres queridos y obtener reforzadores tangibles externos a la escuela, en comparación con sus iguales procedentes de Ecuador. Los análisis de conglomerados confirmaron cuatro perfiles de rechazo escolar en ambos países: Rechazo Escolar Bajo, Rechazo Escolar Alto, Rechazo Escolar Ansioso y Rechazo Escolar Absentista. A pesar de que los adolescentes chilenos obtuvieron puntuaciones medias significativamente más altas que los ecuatorianos en algunas dimensiones del rechazo escolar, los resultados revelaron una pequeña variabilidad entre los perfiles de rechazo escolar encontrados en ambos países. Los resultados obtenidos se discuten atendiendo a las características culturales definitorias de cada uno de estos países.