Introducción. Las prácticas de manejo del suelo en los agroecosistemas, como el uso de abonos verdes (AV), afectan positivamente las emisiones de los gases de efecto invernadero (GEI). Objetivo. El objetivo de la investigación fue evaluar la emisión de CO2, CH4 y N2O, de un suelo cultivado con maíz y soya, bajo el uso de abonos verdes, barbecho (B) y fertilización nitrogenada. Materiales y métodos. Entre julio de 2011 y junio de 2012, en un Typic Haplustert, ubicado en el Valle del Cauca, Colombia, se sembraron maíz y soya en forma intercalada y los monocultivos de maíz y soya, los dos últimos manejados de forma convencional. Se estableció como AV la asociación entre Mucuna pruriens var. utilis y maíz, noventa días después de la siembra, el total de los residuos se incorporaron como AV o se dispusieron sobre la superficie del suelo como acolchado orgánico (AO). Se utilizaron once tratamientos bajo el diseño de bloques completos al azar, con arreglo factorial 32 + 2, con tres repeticiones. Las parcelas principales las constituyó AV, AO y B. Cada una se dividió en subparcelas que correspondieron a la fertilización por compost, fertilizante de síntesis química industrial y ninguna adición. En la etapa de floración y llenado de grano de los cultivos se analizaron variables como el N2O, CH4, CO2 y porosidad total llena de agua. Resultados. El flujo CO2 fue mayor en los cultivos intercalados adicionados con AV/AO en comparación con los monocultivos. En las parcelas principales el uso de fertilizantes de síntesis química industrial estimuló significativamente los flujos de N2O y CH4. Conclusión. El uso de materiales orgánicos de alta calidad como AV/AO no aseguraron suelos sumideros de GEI a corto plazo, ya que las condiciones del suelo y la fertilización nitrogenada influyeron de forma significativa en las emisiones.