De nombreuses espèces de champignons dématiacés sont associées à des réactions allergiques et à des maladies potentiellement mortelles chez l'homme, en particulier dans les climats tropicaux. Au cours des 10 dernières années, nous avons isolé plus de 400 champignons dématiacés à partir de divers échantillons cliniques. Dans cette étude, DemaDb, une base de données intégrée a été conçue pour soutenir l'intégration et l'analyse des génomes fongiques dématiacés. Un total de 92 072 gènes putatifs et 6527 voies qui ont identifié dans huit champignons dématiacés (Bipolaris papendorfii UM 226, Daldinia eschscholtzii UM 1400, D. eschscholtzii UM 1020, Pyrenochaeta unguis-hominis UM 256, Ochroconis mirabilis UM 578, Cladosporium sphaerospermum UM 843, Herpotrichiellaceae sp. UM 238 et Pleosporales sp. UM 1110) ont été déposés dans DemaDb. DemaDb comprend des annotations fonctionnelles pour tous les modèles de gènes prédits dans tous les génomes, tels que Gene Ontology, EuKaryotic Orthologous Groups, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), Pfam et InterProScan. Tous les modèles protéiques prédits ont été en outre fonctionnellement annotés aux enzymes actives sur les glucides, aux peptidases, aux métabolites secondaires et aux facteurs de virulence. DemaDb Genome Browser permet aux utilisateurs de parcourir et de visualiser des génomes entiers avec des données d'annotation, y compris la prédiction des gènes, la structure, l'orientation et les pistes de caractéristiques personnalisées. Le Pathway Browser basé sur la base de données de la voie KEGG permet aux utilisateurs d'examiner les interactions moléculaires et les réseaux de réaction pour tous les gènes annotés KEGG. La disponibilité de fichiers téléchargeables contenant l'assemblage, l'acide nucléique, ainsi que des données protéiques permet la récupération directe pour d'autres travaux en aval. DemaDb est une ressource utile pour la communauté de recherche sur les champignons, en particulier ceux qui sont impliqués dans l'analyse à l'échelle du génome, la génomique fonctionnelle, la génétique et les études de maladies des champignons dématiacés. URL de la base de données : http://fungaldb.um.edu.my.

Muchas especies de hongos dematiáceos están asociadas con reacciones alérgicas y enfermedades potencialmente mortales en humanos, especialmente en climas tropicales. En los últimos 10 años, hemos aislado más de 400 hongos dematiáceos de varias muestras clínicas. En este estudio, DemaDb, se diseñó una base de datos integrada para apoyar la integración y el análisis de genomas de hongos dematiáceos. Un total de 92 072 genes putativos y 6527 vías que se identificaron en ocho hongos dematiáceos (Bipolaris papendorfii UM 226, Daldinia eschscholtzii UM 1400, D. eschscholtzii UM 1020, Pyrenochaeta unguis-hominis UM 256, Ochroconis mirabilis UM 578, Cladosporium sphaerospermum UM 843, Herpotrichiellaceae sp. UM 238 y Pleosporales sp. UM 1110) se depositaron en DemaDb. DemaDb incluye anotaciones funcionales para todos los modelos de genes predichos en todos los genomas, como Gene Ontology, EuKaryotic Orthologous Groups, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), Pfam e InterProScan. Todos los modelos de proteínas predichos se anotaron funcionalmente en enzimas activas de carbohidratos, peptidasas, metabolitos secundarios y factores de virulencia. DemaDb Genome Browser permite a los usuarios navegar y visualizar genomas completos con datos de anotación que incluyen predicción de genes, estructura, orientación y pistas de características personalizadas. El explorador de rutas basado en la base de datos de rutas de KEGG permite a los usuarios analizar las redes de interacción y reacción molecular para todos los genes anotados de KEGG. La disponibilidad de archivos descargables que contienen datos de ensamblaje, ácidos nucleicos y proteínas permite la recuperación directa para trabajos posteriores. DemaDb es un recurso útil para la comunidad de investigación de hongos, especialmente para aquellos involucrados en el análisis a escala del genoma, la genómica funcional, la genética y los estudios de enfermedades de hongos dematiáceos. URL de la base de datos: http://fungaldb.um.edu.my.

Many species of dematiaceous fungi are associated with allergic reactions and potentially fatal diseases in human, especially in tropical climates. Over the past 10 years, we have isolated more than 400 dematiaceous fungi from various clinical samples. In this study, DemaDb, an integrated database was designed to support the integration and analysis of dematiaceous fungal genomes. A total of 92 072 putative genes and 6527 pathways that identified in eight dematiaceous fungi (Bipolaris papendorfii UM 226, Daldinia eschscholtzii UM 1400, D. eschscholtzii UM 1020, Pyrenochaeta unguis-hominis UM 256, Ochroconis mirabilis UM 578, Cladosporium sphaerospermum UM 843, Herpotrichiellaceae sp. UM 238 and Pleosporales sp. UM 1110) were deposited in DemaDb. DemaDb includes functional annotations for all predicted gene models in all genomes, such as Gene Ontology, EuKaryotic Orthologous Groups, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), Pfam and InterProScan. All predicted protein models were further functionally annotated to Carbohydrate-Active enzymes, peptidases, secondary metabolites and virulence factors. DemaDb Genome Browser enables users to browse and visualize entire genomes with annotation data including gene prediction, structure, orientation and custom feature tracks. The Pathway Browser based on the KEGG pathway database allows users to look into molecular interaction and reaction networks for all KEGG annotated genes. The availability of downloadable files containing assembly, nucleic acid, as well as protein data allows the direct retrieval for further downstream works. DemaDb is a useful resource for fungal research community especially those involved in genome-scale analysis, functional genomics, genetics and disease studies of dematiaceous fungi. Database URL: http://fungaldb.um.edu.my.

ترتبط العديد من أنواع الفطريات الشيطانية بردود الفعل التحسسية والأمراض المميتة المحتملة لدى الإنسان، خاصة في المناخات الاستوائية. على مدى السنوات العشر الماضية، قمنا بعزل أكثر من 400 نوع من الفطريات الشيطانية من عينات سريرية مختلفة. في هذه الدراسة، DemaDb، تم تصميم قاعدة بيانات متكاملة لدعم دمج وتحليل الجينوم الفطري الشيطاني. ما مجموعه 92 072 جينًا مفترضًا و 6527 مسارًا تم تحديدها في ثمانية فطريات شيطانية (Bipolaris papendorfii UM 226، Daldinia eschscholtzii UM 1400، D. eschscholtzii UM 1020، Pyrenochaeta unguis - hominis UM 256، Ochroconis mirabilis UM 578، Cladosporium sphaerospermum UM 843، Herpotrichiellaceae sp. UM 238 و Pleosporales sp. UM 1110) في DemaDb. يتضمن DemaDb تعليقات توضيحية وظيفية لجميع نماذج الجينات المتوقعة في جميع الجينومات، مثل علم الوجود الجيني، والمجموعات التقويمية EuKaryotic، وموسوعة كيوتو للجينات والجينومات (KEGG)، و Pfam و InterProScan. تم شرح جميع نماذج البروتين المتوقعة وظيفيًا على الإنزيمات النشطة الكربوهيدراتية والببتيدات والمستقلبات الثانوية وعوامل الفوعة. يتيح متصفح الجينوم DemaDb للمستخدمين تصفح وتصور الجينوم بأكمله باستخدام بيانات التعليقات التوضيحية بما في ذلك التنبؤ بالجينات والبنية والتوجه ومسارات الميزات المخصصة. يسمح متصفح المسار المستند إلى قاعدة بيانات مسار KEGG للمستخدمين بالنظر في التفاعل الجزيئي وشبكات التفاعل لجميع جينات KEGG المشروحة. يسمح توفر الملفات القابلة للتنزيل التي تحتوي على التجميع والحمض النووي وكذلك بيانات البروتين بالاسترجاع المباشر لمزيد من الأعمال النهائية. DemaDb هو مورد مفيد لمجتمع البحوث الفطرية وخاصة أولئك الذين يشاركون في تحليل على نطاق الجينوم، وعلم الجينوم الوظيفي، وعلم الوراثة ودراسات الأمراض للفطريات الشيطانية. رابط قاعدة البيانات: http://fungaldb.um.edu.my.