El Functional Movement Screen (FMS®) constituye una batería de test para identificar problemas de estabilidad y movilidad, y una guía para orientar el entrenamiento. El propósito de la presente investigación fue evaluar y comparar mediante el FMS® el nivel de aptitud funcional del movimiento de jugadores de fútbol varones juveniles de diferentes categorías (sub-13, n = 21; sub-14, n = 35; sub-15, n = 16; sub-17, n = 19) del departamento de Maldonado, Uruguay. No se observaron diferencias significativas entre las categorías en cuanto al rendimiento obtenido en cada una de las pruebas (p > 0,05), siendo la media del puntaje total del FMS® de 16,4 ± 0,8 puntos (inferior a lo considerado deseable). Este hallazgo sugiere que, a medida que aumenta la edad y el nivel de competición de los deportistas, no se corrigen sus déficits de movilidad y estabilidad. Se aconseja que los profesionales a cargo de la evaluación física y motriz de futbolistas juveniles incorporen herramientas como el FMS®, ya que aportan información valiosa para estimar la aptitud funcional de los mismos. A partir de esto, se recomienda programar entrenamientos teniendo en consideración el desarrollo de los patrones fundamentales de movimiento, preparando a los jugadores para habilidades deportivas específicas.