El modelo de educación por competencias representa un cambio en el paradigma educativo a nivel universitario, dejando de lado metodologías tradicionales de enseñanza en las que el docente fue el centro del proceso educativo. Existe una tendencia hacia la utilización de metodologías activas de enseñanza que tienen como principal característica colocar al estudiante como protagonista de su aprendizaje. El objetivo de este estudio fue diseñar, aplicar y analizar un programa de formación pedagógica con docentes universitarios, incluyó metodologías activas y se desarrolló en el contexto de la licenciatura en Educación Física en México. Se partió del paradigma sociocrítico, con enfoque cualitativo combinando las metodologías de estudio de caso e investigación acción; participaron dos docentes de licenciatura de una universidad pública, 14 estudiantes en la etapa diagnóstica y 6 en la intervención docente. Los resultados demostraron que el programa de formación docente favoreció la adquisición de competencias con la utilización de aula invertida, los docentes fueron reflexivos y autocríticos de su desempeño. Se concluyó que los programas de formación docente en pedagogía deben incluir metodologías de enseñanza novedosas y deben ser continuos.