Des résultats récents ont démontré que les gènes non codants ou codants génèrent des petits ARN interférents secondaires phasés (phasiRNA) guidés par des miARN spécifiques. Jusqu'à présent, il n'y a pas d'études pour les phasiARN dans le Panax notoginseng (Burk.) F.H. Chen (P. notoginseng), une importante espèce de plante médicinale traditionnelle chinoise. Ici, nous avons effectué une découverte à l'échelle du génome des phasiARN et de ses locus hôtes PHA dans P. notoginseng en analysant de petits profils de séquençage d'ARN. Le profil de séquençage du dégradome a été utilisé pour identifier les miARN déclencheurs de ces phasiARN et les cibles potentielles des phasiARN. Nous avons également utilisé RLM 5'-RACE pour valider certaines des cibles de phasiARN identifiées. Après analyse de 24 petits profils de séquençage d'ARN de P. notoginseng, 204 et 90 locus de PHA qui codaient 21 et 24 phasiARN nucléotidiques (nt), respectivement, ont été identifiés. De plus, nous avons constaté que les phasiARN produits à partir de certains gènes à répétition de pentatricopeptides (PPR) ciblent une autre couche de gènes PPR validés à la fois par le profil de séquençage du dégradome et l'analyse RLM 5'-RACE. Nous avons également constaté que miR171 avec 21 nt déclenche les générations de phasiARN 21 nt à partir de ses cibles conservées. Nous avons validé que certains phasiARN générés à partir des gènes PPR et TASL sont fonctionnels en ciblant d'autres PPR en trans. Ces résultats fournissent le premier ensemble de locus PHA et de phasiARN chez P. notoginseng et améliorent notre compréhension des PHA CHEZ les plantes.

Los resultados recientes demostraron que los genes no codificantes o codificantes generan pequeños ARN de interferencia secundarios en fase (phasiARN) guiados por miARN específicos. Hasta ahora, no hay estudios para phasiRNAs en Panax notoginseng (Burk.) F.H. Chen (P. notoginseng), una importante especie de planta medicinal herbal tradicional china. Aquí realizamos un descubrimiento de todo el genoma de phasiRNAs y sus loci de PHAS huésped en P. notoginseng mediante el análisis de pequeños perfiles de secuenciación de ARN. Se utilizó el perfil de secuenciación del degradoma para identificar los miARN desencadenantes de estos phasiARN y las posibles dianas de los phasiARN. También utilizamos RLM 5'-RACE para validar algunas de las dianas de phasiRNA identificadas. Después de analizar 24 perfiles pequeños de secuenciación de ARN de P. notoginseng, se identificaron 204 y 90 loci de PHA que codificaban phasiARN de 21 y 24 nucleótidos (nt), respectivamente. Además, descubrimos que los phasiRNA producidos a partir de algunos genes que contienen repeticiones de pentatricopéptidos (PPR) se dirigen a otra capa de genes PPR validados tanto por el perfil de secuenciación del degradoma como por el análisis RLM 5'-RACE. También encontramos que miR171 con 21 nt desencadena las generaciones de phasiRNAs de 21 nt de sus objetivos conservados. Validamos que algunos phasiRNA generados a partir de genes PPR y TASL son funcionales al dirigirse a otras PPR en trans. Estos resultados proporcionan el primer conjunto de loci de PHA y phasiRNA en P. notoginseng, y mejoran nuestra comprensión de los PHA en las plantas.

Recent results demonstrated that either non-coding or coding genes generate phased secondary small interfering RNAs (phasiRNAs) guided by specific miRNAs. Till now, there is no studies for phasiRNAs in Panax notoginseng (Burk.) F.H. Chen (P. notoginseng), an important traditional Chinese herbal medicinal plant species. Here we performed a genome-wide discovery of phasiRNAs and its host PHAS loci in P. notoginseng by analyzing small RNA sequencing profiles. Degradome sequencing profile was used to identify the trigger miRNAs of these phasiRNAs and potential targets of phasiRNAs. We also used RLM 5'-RACE to validate some of the identified phasiRNA targets. After analyzing 24 small RNA sequencing profiles of P. notoginseng, 204 and 90 PHAS loci that encoded 21 and 24 nucleotide (nt) phasiRNAs, respectively, were identified. Furthermore, we found that phasiRNAs produced from some pentatricopeptide repeat-contain (PPR) genes target another layer of PPR genes as validated by both the degradome sequencing profile and RLM 5'-RACE analysis. We also found that miR171 with 21 nt triggers the generations of 21 nt phasiRNAs from its conserved targets. We validated that some phasiRNAs generated from PPRs and TASL genes are functional by targeting other PPRs in trans. These results provide the first set of PHAS loci and phasiRNAs in P. notoginseng, and enhance our understanding of PHAS in plants.

أظهرت النتائج الحديثة أن الجينات غير المشفرة أو الترميز تولد الحمض النووي الريبي الثانوي المتداخل الصغير المرحلي (phasiRNAs) الذي يسترشد بحمض نووي مرئي محدد. حتى الآن، لا توجد دراسات للحمض النووي الريبي الطوري في باناكس نوتوجينسينغ (بورك.) ف.ه. تشين (P. notoginseng)، وهو نوع مهم من النباتات الطبية العشبية الصينية التقليدية. لقد أجرينا هنا اكتشافًا على مستوى الجينوم لـ phasiRNAs ومواقع PHAS المضيفة لها في P. notoginseng من خلال تحليل ملفات تعريف تسلسل الحمض النووي الريبي الصغيرة. تم استخدام ملف تسلسل ديغرادوم لتحديد ميرنا الزناد من هذه الطور رنا والأهداف المحتملة من الطور رنا. استخدمنا أيضًا RLM 5'- RACE للتحقق من صحة بعض أهداف الطور المحدد للحمض النووي الريبي. بعد تحليل 24 من ملامح تسلسل الحمض النووي الريبي الصغيرة لـ P. notoginseng، تم تحديد 204 و 90 من مواقع PHA التي شفرت 21 و 24 من أطوار النيوكليوتيدات (nt)، على التوالي. علاوة على ذلك، وجدنا أن الحمض النووي الريبي الطوري المنتج من بعض جينات تكرار الببتيد الخماسي (PPR) يستهدف طبقة أخرى من جينات PPR كما تم التحقق من صحتها من خلال كل من ملف تسلسل التحلل وتحليل RLM 5'- RACE. وجدنا أيضًا أن miR 171 مع 21 nt يحفز أجيال 21 nt phasiRNAs من أهدافها المحفوظة. لقد تحققنا من أن بعض الرنا الطورية المتولدة من طاعون المجترات الصغيرة وجينات TASL تعمل من خلال استهداف طاعون المجترات الصغيرة الأخرى في المتحولين جنسياً. توفر هذه النتائج المجموعة الأولى من مواقع PHAS و phasiRNAs في P. notoginseng، وتعزز فهمنا لـ PHAS في النباتات.