\textit{Cornitermes cumulans} se distribui em áreas abertas do centro e leste da América do Sul. Seus soldados e alados apresentam grande variação morfológica que podem ocorrer por diferenças genéticas ou plasticidade da espécie. Diante disso, nosso objetivo foi caracterizar molecularmente e investigar a estrutura populacional de \textit{C. cumulans} utilizando os genes mitocondriais COI e COII, e o nuclear ribossomal ITS. Foram analisadas sequencias de 198 indivíduos para COI [número de haplótipos (h)=91], 208 para COII (h=78) e 221 para ITS (h=14). As redes de haplótipos de COII e ITS, feitas no R, não mostraram estruturação. Diferente de COI, que separou dois grupos por 29 mutações. Um dos grupos apresenta haplótipos distribuídos por todas as localidades amostradas, já o outro, apenas no RJ, ES e leste de MG. Nas análises Bayesianas para cada gene, realizadas no BEAST, é possível observar o mesmo padrão encontrado nas redes de haplótipos. A AMOVA realizada a partir desses dois grupos mostrou alta estruturação populacional para COI (FST=0,79; p<0,02), leve para COII (FST=0,11; p<0,01) e nenhuma para ITS (FST=0,03; p<0,12). Os marcadores apresentam resultados divergentes, pois COI tem uma evolução mais rápida que os demais, detectando assim padrões de estruturação mais recentes que ainda não conseguem ser detectados pelos outros dois. Uma suposição para esse resultado, é que no Último Interglacial (12Ka) a distribuição de \textit{C. cumulans} era a mesma das áreas abertas, e quando as florestas se expandiram, no Último Máximo Glacial (21Ka), funcionaram como barreira dividindo os dois grupos, levando-os a uma diferenciação.\textit{Cornitermes cumulans} se distribui em áreas abertas do centro e leste da América do Sul. Seus soldados e alados apresentam grande variação morfológica que podem ocorrer por diferenças genéticas ou plasticidade da espécie. Diante disso, nosso objetivo foi caracterizar molecularmente e investigar a estrutura populacional de \textit{C. cumulans} utilizando os genes mitocondriais COI e COII, e o nuclear ribossomal ITS. Foram analisadas sequencias de 198 indivíduos para COI [número de haplótipos (h)=91], 208 para COII (h=78) e 221 para ITS (h=14). As redes de haplótipos de COII e ITS, feitas no R, não mostraram estruturação. Diferente de COI, que separou dois grupos por 29 mutações. Um dos grupos apresenta haplótipos distribuídos por todas as localidades amostradas, já o outro, apenas no RJ, ES e leste de MG. Nas análises Bayesianas para cada gene, realizadas no BEAST, é possível observar o mesmo padrão encontrado nas redes de haplótipos. A AMOVA realizada a partir desses dois grupos mostrou alta estruturação populacional para COI (FST=0,79; p<0,02), leve para COII (FST=0,11; p<0,01) e nenhuma para ITS (FST=0,03; p<0,12). Os marcadores apresentam resultados divergentes, pois COI tem uma evolução mais rápida que os demais, detectando assim padrões de estruturação mais recentes que ainda não conseguem ser detectados pelos outros dois. Uma suposição para esse resultado, é que no Último Interglacial (12Ka) a distribuição de \textit{C. cumulans} era a mesma das áreas abertas, e quando as florestas se expandiram, no Último Máximo Glacial (21Ka), funcionaram como barreira dividindo os dois grupos, levando-os a uma diferenciação.