A região Neotropical é a terceira em número de espécies conhecidas de cupins. Nessa região, \textit{Nasutitermes corniger} é a espécie do gênero mais amplamente distribuída, sendo encontrada com bastante frequência e abundância nos biomas neotropicais. Apesar de abrigar grande riqueza e diversidade biológica, estudos sobre aspectos biogeográficos e filogeográficos das biotas da região Neotropical ainda são muito incipientes. Nesse trabalho, buscamos investigar a história filogeográfica de \textit{N. corniger}, analisando as variações haplotípicas de populações distribuídas na América Central e do Sul através do marcador mitocondrial 16S rRNA. Foram utilizados 230 indivíduos, provenientes de 180 localidades, dentre os quais encontramos 45 haplótipos com diversidade haplotípica bastante elevada (Hd=0,880). Na rede haplotípica, observamos seis grandes agrupamentos de haplótipos (haplogrupos), os quais abrangem indivíduos provenientes de regiões geográficas adjacentes ou proximamente localizadas. Esse resultado sugeriu que as populações estão estruturadas, o que foi confirmado pelo teste de AMOVA (FST=0,65457). Observando os padrões de estruturação e a localização dos haplogrupos, percebemos que esses agrupamentos caracterizam os biomas sul-americanos. O haplogrupo 1 ocorre no Cerrado, assim como o 5, que também ocorre nesse bioma e na Caatinga. Os haplogrupos 3 e 4 ocorrem ao leste dos Andes, atingindo principalmente o Pantanal, o Chaco e parte do sul da Amazônia. O haplogrupo 6 é exclusivo da Mata Atlântica, onde observamos a presença apenas desse agrupamento. Sugerimos que eventos biogeográficos de formação dos biomas sul-americanos, como a expansão da diagonal seca, tenham influenciado os padrões filogeográficos encontrados para \textit{N. corniger}. Financiamento: CAPES, CNPq e FAPESP.