São grandes os desafios enfrentados pelos povos indígenas frente às vulnerabilidades socioeconômicas, saúde, conflitos territoriais, além da diversidade cultural. Mediante uma análise crítica e reflexiva a pesquisa tem por objetivo, conhecer o contexto histórico de políticas públicas de saúde indígena no Brasil, identificar como se organiza o Subsistema de Atenção à Saúde Indígena (SASI) no Sistema único de Saúde (SUS) através dos Distritos Sanitários Especiais Indígenas (DSEI), refletir sobre a gestão pública na saúde indígena, analisar os repasses financeiros disponibilizados ao longo dos anos pelo governo federal à saúde indígena que mesmo diante dos avanços e recursos ofertadas ainda há muitos desafios no que se refere a gestão do subsistema da saúde dos povos indígenas. Esses fatores aumentam ainda mais o potencial de disseminação de doenças, condições particulares que atingem essas populações, como a dificuldade de acesso aos serviços de saúde, distância geográfica, indisponibilidade ou insuficiência de equipes de saúde. Os dados foram coletados através de pesquisas bibliográficas em sites, artigos e publicações na internet. Conclui-se que a superação dos desafios da gestão pública na saúde indígena, depende da estruturação de um novo modelo de atenção e de gestão que possibilite a implementação efetiva de um Subsistema de Saúde Indígena vinculado ao SUS e orçamentários específicos e suficientes para execução de políticas públicas.