Este artigo apresenta uma metainvestigação num projeto de pesquisa temático e interinstitucional, desenvolvido a partir da abordagem da educação científica construída no campo indisciplinar da Linguística Aplicada. São problematizadas situações de tensão ou informadas por controvérsias no trabalho de pesquisa idealizado como colaborativo entre duas equipes identificadas como pedagógica e técnica, em função respectivamente das especificidades das atividades de produção de material didático e de engenharia de software, realizadas por seus membros na implementação do projeto. Os flagrantes interativos focalizados possibilitaram a criação de cinco categorias interconectadas de análise qualitativa, capazes de auxiliar na compreensão de desafios na construção de uma cultura de pesquisa colaborativa nos estudos linguísticos aplicados: organização e gerenciamento de equipe; atributos sobre programação; representação de contexto de trabalho; comunicação entre equipes; e controvérsia metodológica.