La educación forma parte de los intereses centrales de la humanidad, pero muchas veces es deslindada y descontextualizada de la realidad circundante. Esto obedece al detrimento de la investigación, de enfoques incompletos e inconexos, que no comprenden la conexión existente entre los aspectos ontológicos, epistemológicos y metodológicos en la investigación educativa. Por esta razón, el artículo plantea el análisis desde dos enfoques divergentes: Por un lado, un enfoque teórico-filosófico, donde se señalan los fundamentos conceptuales de la investigación educativa, que implica la evaluación de la realidad (concreta, material, fenoménica, tangible), de aspectos cognitivos y marcos metodológicos adecuados para brindar una evaluación compleja, holística, transdisciplinar e interdisciplinar de la realidad educativa, así como de sus sujetos y objetos de exploración. Por otro lado, precisa las implicancias de los fundamentos onto–epistemológicos y metodológicos en la calidad de la investigación educativa. Desde un enfoque cuantitativo, nivel causal explicativo no experimental, se trabajó con una muestra conformada por 85 estudiantes de maestría, a quienes se les aplicó los cuestionarios de las variables en estudio. Los resultados confirmaron que el modelo de regresión logística para las variables aspectos ontológico, epistemológico y metodológico sobre la calidad de investigación educativa es significativamente explicativa; asimismo, según el coeficiente de Nagelkerke, la variabilidad de la calidad de investigación educativa depende del 58 % de los factores predictores. Se concluye que la investigación educativa no es soportada por un proceso estadístico, de interpretación e identificación, que den una dirección holística y compleja, para una lectura correcta de la realidad.