Ce travail de recherche évalue l’influence de l’audit interne et du contrôle interne sur les bonnes pratiques de gouvernance des sociétés anonymes au Bénin et au Togo. Pour mener à bien cette étude, l’échantillonnage raisonné a été utilisé pour l\e choix de huit (08) entreprises dont cinq (05) au Bénin et trois (03) au Togo. Pour la collecte des données, la recherche documentaire et les entretiens (semi structuré et structuré) ont été les techniques utilisées. Le questionnaire a servi comme outil pour la collecte des données. Les données collectées ont été analysées grâce au tableur Excel à travers la réalisation des graphes. Les résultats de l’étude révèlent que l’audit interne et le contrôle interne promeuvent et renforcent l’efficacité de la gouvernance de l’organisation, améliorent de façon qualitative les pratiques de bonne gouvernance d’entreprise d’une part et d’autre part, contribuent à la réduction de l’asymétrie d’information. Cependant, les valeurs éthiques, le style de la direction, l’engagement du management en faveur des valeurs fondamentales, et la définition de la culture souhaitée dans les organisations, dans un modèle structuré de gouvernance vont garantir la pérennité des sociétés anonymes.