Ekologi merupakan bagian dari biologi yang berkenaan dengan studi mengenai hubungan organisme atau kelompok organisme dengan lingkungannya. Kehadiran mikroorganisme di lingkungan dapat memberikan keuntungan dan kerugian bagi lingkungan. Mikroba terdapat dimana-mana baik di tanah, air, ataupun atmosfer. Mikrobiologi lingkungan sebagai ilmu yang mempelajari pengaruh penerapan mikroba pada lingkungan, aktivitas, kesehatan dan kesejahteraan manusia. Untuk itu, digabungkanlah dua ilmu tersebut menjadi Ekologi Mikroba, yaitu studi tentang mikroba yang ada dilingkungan alamiahnya. Ekologi Mikroba sangat berperan dalam membantu memperbaiki kualitas lingkungan