El artículo propone enriquecer y ampliar el alcance de los indicadores sobre innovación, vinculados al desarrollo del sistema agroalimentario y al Plan de Soberanía Alimentaria y Educación Nutricional hasta el 2030. Esta mejora se origina mediante el diseño de la propuesta metodológica de la encuesta nacional de innovación para el sector agroalimentario con indicadores específicos, a partir de los resultados de la Tercera Encuesta Nacional de Innovación que contribuyeron al sector agroalimentario. Con esta propuesta, se dispondrá de un conjunto de indicadores para la medición de las capacidades de innovación en el sector agroalimentario; como alternativa para promover el encadenamiento productivo, la toma de decisiones y la elaboración de nuevas políticas públicas. Esta propuesta es coherente con el proceso de transformación del Sistema de ciencia, tecnología e innovación, refrendado en los documentos rectores del Estado y del Gobierno, constituyendo un aporte al modelo de desarrollo económico social del país.