Cette recherche vise à apprécier l’effet de la crise sanitaire du Covid-19 sur l’endettement des Très Petites Entreprises agro-alimentaires au Bénin. L’échantillon de cette étude est constitué de 150 responsables de TPE agro-alimentaires installées au Bénin. Nous avons fait recours à une méthode qualitative complétée par la méthode quantitative basée sur la régression linéaire. Après le traitement des données, nous avons abouti à des résultats probants. Les résultats de notre étude montrent que l’endettement est statistiquement significatif au seuil de 0,01 (β=,497 ; P< ,000) et qu’il est négativement influencé par la crise sanitaire du Covid-19. De même, la relation entre la crise sanitaire du covid-19 et l’endettement des TPE est modérée par l’âge des TPE agro-alimentaires au Bénin (β = -0,019 ; t = -2,14 et p < 0,05). Les TPE agro-alimentaires n’ont pas honoré à leurs engagements auprès des institutions financières et sont quasiment en faillite. De ce fait, des apports managériaux ont été soulignés pour surmonter les dettes des TPE agro-alimentaires en contexte de crise sanitaire.