Powered by OpenAIRE graph
Found an issue? Give us feedback
image/svg+xml art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos Open Access logo, converted into svg, designed by PLoS. This version with transparent background. http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Open_Access_logo_PLoS_white.svg art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos http://www.plos.org/ ZENODOarrow_drop_down
image/svg+xml art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos Open Access logo, converted into svg, designed by PLoS. This version with transparent background. http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Open_Access_logo_PLoS_white.svg art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos http://www.plos.org/
ZENODO
Thesis . 2022
License: CC BY
Data sources: Datacite
image/svg+xml art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos Open Access logo, converted into svg, designed by PLoS. This version with transparent background. http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Open_Access_logo_PLoS_white.svg art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos http://www.plos.org/
ZENODO
Other literature type . 2022
License: CC BY
Data sources: ZENODO
image/svg+xml art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos Open Access logo, converted into svg, designed by PLoS. This version with transparent background. http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Open_Access_logo_PLoS_white.svg art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos http://www.plos.org/
ZENODO
Thesis . 2022
License: CC BY
Data sources: Datacite
versions View all 2 versions
addClaim

Mikroszkopikus képek szegmentálása és fókuszálása

Authors: Borosjenői Tamás;

Mikroszkopikus képek szegmentálása és fókuszálása

Abstract

A neurális hálók szerepe egyre fontosabb mind a diagnosztikai, mind a mindennapi használat során. A mikroszkóp képek automatikus feldolgozása, jelentősen felgyorsítható gépi tanulás alkalmazásával, ezért a választott feladatom digitális holografikus mikroszkóp képek szegmentálása és a rajtuk található objektumok fókuszálása volt neurális hálózatok segítségével. A kutatás elején egy, a mikroszkóp képek numerikus feldolgozására alkalmas kód eredményeinek reprodukálására törekedtem. A kód által generált kimenetek felhasználásával szerettem volna tanítani egy Unet architektúrájú neurális hálót, hogy végeredményben a szegmentációt és a fókusztávolságok szerinti klasszifikációt egy lépésben megkapjam. A tanításnál 6 különböző mérésből származó, összesen 60 darab nagy felbontású, algákról és élesztő részecskékről készült holografikus mikroszkóp képet használtam fel, amelyekből futási időben véletlenszerűen vágtam ki kisebb képeket, hogy azon tanítsam a hálózatot. Az első elkészített hálózat azonban nem tudott használható eredményt produkálni, ezért újra kellett gondolnom a feladat megközelítését. Kiderült ugyanis, hogy a kód által generált kimenetek túlságosan zajosak ahhoz, hogy a háló tanulni tudjon belőle, így az eredeti feladatot külön bontottam szegmentációra és klasszifikációra. Mindkét feladatrészhez külön neurális architektúrát építettem, külön adathalmazt annotáltam és külön tanítottam. A szegmentációs részhez először adathalmazt készítettem az eredeti képek kézi, bináris annotációjával, majd ezen a halmazon tanítottam véletlenszerűen kivágott kisebb méretű képek segítségével a korábban már elkészített Unet architektúra egyszerűsített változatát. A klasszifikációs részhez először készítettem egy Matlab kódot, amivel analizálni tudtam a hologramokat, majd azokból 240 objektumot annotáltam fókuszszintjük szerint. Ezután ugyanezen program felhasználásával méretcsökkentés céljából az objektumok fontosabb tulajdonságait tartalmazó vektorokat vágtam ki, továbbá kiszámoltam a Fourier transzformáltjukat, majd ezen két vektorcsoport segítségével tanítottam a hálózatot. Maga az architektúra két konvolúciós részből és egy teljesen kapcsolt klasszifikációs hálótatból tevődött össze. A hálózatok összességében jó eredményt értek el. A szegmentációs háló közel minden objektumot képes megjelölni, míg a klasszifikációs háló közel 60%-ban pontos (kevesebb mint 6 mikrométer hiba) és további 22%-ban elfogadható (kevesebb, mint 24 mikrométer hiba) eredményt produkált.

  • BIP!
    Impact byBIP!
    selected citations
    These citations are derived from selected sources.
    This is an alternative to the "Influence" indicator, which also reflects the overall/total impact of an article in the research community at large, based on the underlying citation network (diachronically).
    0
    popularity
    This indicator reflects the "current" impact/attention (the "hype") of an article in the research community at large, based on the underlying citation network.
    Average
    influence
    This indicator reflects the overall/total impact of an article in the research community at large, based on the underlying citation network (diachronically).
    Average
    impulse
    This indicator reflects the initial momentum of an article directly after its publication, based on the underlying citation network.
    Average
    OpenAIRE UsageCounts
    Usage byUsageCounts
    visibility views 3
    download downloads 3
  • 3
    views
    3
    downloads
    Powered byOpenAIRE UsageCounts
Powered by OpenAIRE graph
Found an issue? Give us feedback
visibility
download
selected citations
These citations are derived from selected sources.
This is an alternative to the "Influence" indicator, which also reflects the overall/total impact of an article in the research community at large, based on the underlying citation network (diachronically).
BIP!Citations provided by BIP!
popularity
This indicator reflects the "current" impact/attention (the "hype") of an article in the research community at large, based on the underlying citation network.
BIP!Popularity provided by BIP!
influence
This indicator reflects the overall/total impact of an article in the research community at large, based on the underlying citation network (diachronically).
BIP!Influence provided by BIP!
impulse
This indicator reflects the initial momentum of an article directly after its publication, based on the underlying citation network.
BIP!Impulse provided by BIP!
views
OpenAIRE UsageCountsViews provided by UsageCounts
downloads
OpenAIRE UsageCountsDownloads provided by UsageCounts
0
Average
Average
Average
3
3
Green