ختلافات در استناد های تفسیری کم و بیش در تفسیر همه ی آیات و سور اثر گذارشته و روش های تفسیری گوناگونی را ش کل می دهد. سید عبدالعلی سبزواری در تفسیر مواهب الرحمن فی تفسیر القرآن از منابع و مستندات گوناگونی بهره برده، اما یکی از مهمترین مستندات قرآن کریم است؛ مفسر در وهله‌ی اول با بهره‌گری از آیات قرآن کریم به تبیین معانی و مقاصد واژگان و عبارات قرآن پرداخته است و همگام با استفاده از آیات قرآن از روایات معصومین(ع) نیز گاه برای بیان مفاد آیات و گاه برای بیان تأویل آیات بهره فروانی برده و به تفسیر صحابه و تابعان بی‌توجه نبوده؛ البته در همه جا اقوال آن‌ها را نپذریفته بلکه گاهی به نقد و رد آن‌ها می‌پردازد. مفسر در کنار سایر مستندات تفسیری خود در تبیین معانی واژگان قرآن، از ادبیات عرب در نظم و نثر بهره برده و کم و بیش به اقوال لغت‌شناسان استشهاد نموده است و در نهایت همواره با بهر‌گیری از عقل و اجتهاد، چه در تحلیل آیات و روایات و چه در کشف استلزامات و دلالت‌های نهفته در آیات، به تفسیر قرآن پرداخته است. با توجه به استنادهای سبزواری در این تفسیر می‌توان روش تفسیری وی را جامع تفسیر عقلی و نقلی دانست