Este trabalho teve como objetivo avaliar a qualidade microbiológica da água em nove pontos de coleta, onde se localizam algumas das comunidades que desenvolvem o cultivo de ostra no estuário de Cananéia. A análise foi realizada no período de 2006 a 2010, quantificando-se o número mais provável (NMP) de coliformes termotolerantes e totais e comparando-as com os limites estabelecidos pela Resolução CONAMA 357/05. Os resultados mostraram que a qualidades da água foi satisfatória para o cultivo de ostras apenas nas localidades do Retiro, Mandira, Ilha da Casca e Pedrinhas segundo a legislação brasileira vigente. Avaliando-se os índices microbianos constatou-se que houve diferença significativa entre as localidades