Las aflatoxinas son micotoxinas producidas por hongos de suelo del género Aspergillus, principalmente A. flavus y A. parasiticus. Por su alta toxicidad, están reguladas en numerosos alimentos para consumo humano y animal. Ambas especies crecen sobre restos de material vegetal produciendo un gran número de conidios aerovagantes que pueden colonizar y contaminar diferentes cultivos como maíz, cacahuete, algodón y frutos secos, entre otros. La contaminación por aflatoxinas en almendro y pistachero, sus causas y control, han sido intensamente estudiados en California en los últimos 25 años. En España, la situación es menos conocida y está siendo abordada en el marco de dos proyectos de investigación entre la Universidad de Córdoba y la Universidad de California, Davis. Aquí, revisamos la importancia actual, la etiología, biología, y control de esta problemática en los frutos secos españoles.