Este estudio se centró en ajustar el análisis químico para cuantificar bixina y norbixina en semillas secas de Bixa orellana L. provenientes de plantaciones con manejo agronómico. Se utilizó la metodología reportada por McKeown y Mark (1962), con modificaciones en la preparación de la muestra, empleando un diseño experimental de cuatro tratamientos: macerado, lavado, triturado y extracción mecánica y dos tipos de muestra definidos conforme a las normas ISTA: primaria y compuesta. El análisis de varianza de dos factores demostró que el método de extracción influyó de manera altamente significativa sobre el contenido de bixina y norbixina, mientras que el tipo de muestra no representó una fuente de variación significativa, confirmando la equivalencia entre muestra primaria y compuesta. La extracción mecánica registró los mayores contenidos de bixina (29.939 ± 4.274 mg/g) y norbixina (18.711 ± 2.941 mg/g), seguida por el triturado como segundo método más eficiente, mientras que el macerado y el lavado presentaron los rendimientos más bajos sin diferir significativamente entre sí. Los resultados confirmaron que la extracción mecánica maximiza la recuperación de bixina y norbixina en semillas de Bixa orellana L., independientemente del tipo de muestra empleado, posicionándose como el método de referencia para la cuantificación de pigmentos en esta especie.